Deux siècles plus tard, lors de la campagne d’Egypte de 1798, Napoléon Bonaparte occupe Malte en raison de sa position stratégique. Les Chevaliers furent contraints d’abandonner l’île à cause, entres autres, de la règle de l’Ordre qui leur interdisait de combattre d’autres chrétiens. Le Traité d’Amiens de 1802, qui réaffirmait les droits souverains de l’ordre sur l’île de Malte, ne fut jamais appliqué.
