Protéger le patrimoine culturel et historique lié à la chrétienté, en France et dans le monde, est également une des missions de la Fondation. Les dons, legs et donations lui permettent d’assurer la sauvegarde de certains biens patrimoniaux.

Convaincue que le renforcement de l’action diplomatique de l’Ordre de Malte peut être un moyen de prévenir durablement des catastrophes et crises humanitaires en favorisant le dialogue et la médiation, la Fondation Française de l’Ordre de Malte a initié, co-organisé ou financé des rencontres internationales sur les thèmes de la diplomatie humanitaire, de la protection du patrimoine et des lieux sacrés.