Les programmes que la Fondation soutient à l'échelle nationale sont nombreux : de la lutte contre le handicap aux actions de secours (formation des secouristes et acquisition de véhicules de secours) en passant par la lutte contre la précarité, les maraudes médicalisées pour les plus démunis d'entre nous ou encore le soutien scolaire des enfants à hospitalisés. 

Convaincue que le renforcement de l’action diplomatique de l’Ordre de Malte peut être un moyen de prévenir durablement des catastrophes et crises humanitaires en favorisant le dialogue et la médiation, la Fondation Française de l’Ordre de Malte a initié, co-organisé ou financé des rencontres internationales sur les thèmes de la diplomatie humanitaire, de la protection du patrimoine et des lieux sacrés.