L’attribution de si nombreux appellatifs s’explique par ses neuf siècles mouvementés, et particulièrement pour avoir vu les chevaliers devoir à plusieurs reprises abandonner les lieux où ils étaient installés.
Aujourd’hui le nom officiel et légal de l’Ordre est : Ordre Souverain Militaire Hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem de Rhodes et de Malte. Des abréviations du nom, Ordre Souverain Militaire de Malte, Ordre Souverain de Malte ou Ordre de Malte sont souvent utilisées dans des actes légaux, diplomatiques et dans des textes de communication.
Les Chevaliers naissent avec le nom de Chevaliers Hospitaliers (ou Hospitaliers), en référence à leur mission. Mais ils sont aussi appelés Chevaliers de Saint-Jean en référence au Saint patron de l’Ordre, Saint Jean-Baptiste, et donc aussi Giovanniti ou Gerosolimitani, en référence à Jérusalem, lieu de fondation de l’Ordre. Dans le passé était utilisé aussi le terme La Religion, pour souligner la caractéristique de confraternité religieuse.
Après la conquête de l’île de Rhodes, en 1310, ils devinrent Chevaliers de Rhodes. En 1530 l’empereur Charles Quint leur céda l’île de Malte, et les chevaliers adoptent ainsi leur nom définitif, qui reste aujourd’hui encore le plus employé : les Chevaliers de Malte.
Pour protéger cette tradition, l’Ordre de Malte a déposé légalement 16 différentes variantes de son nom et de ses emblèmes dans plus de 100 pays dans le monde.