En 1291, après la chute de Saint-Jean d’Acre et la perte de la Terre Sainte, l’Ordre Hospitalier de Saint-Jean a déménagé son siège et l’hôpital à Limassol sur l’île de Chypre, où il était déjà présent depuis 1210 par l’octroi de propriétés importantes, de droits et privilèges commerciaux.
Là, fidèle à sa mission hospitalière, il continue à construire de nouveaux hôpitaux et, profitant de l’emplacement stratégique de l’île, crée une flotte navale pour protéger les pèlerins en route vers la Terre Sainte.
Le nombre de membres de toute l’Europe continue à croître et à contribuer au renforcement de la structure de l’Ordre, qui acquiert de nouvelles possessions sur les rives de la Méditerranée. Parmi celles-ci, le grand port de Famagouste, la ville de Nicosie et de nombreuses commanderies.
L’instabilité grandissante de Chypre, qui empêchait leur expansion sur l’île, pousse les Hospitaliers à considérer l’île de Rhodes comme le siège le plus approprié pour l’Ordre de Saint-Jean.
Des lieutenants magistraux continuent d’être présents à Chypre pour gouverner les prieurés et les commanderies (il y en a plus de 60 en 1374) pendant un siècle supplémentaire, jusqu’à la moitié du 15ème siècle, lorsque les chevaliers sont rappelés au siège monastique de Rhodes.
